La NAS-CPA est pilotée par un comité, dans lequel siègent les délégués de certaines organisations et le président, le Conseiller national Angelo Barrile.

Sur le plan de l'administration et du contenu, ses activités sont gérées par la coordination.

La NAS-CPA est subventionnée par l'Office fédéral de la santé publique (OFSP).